Keberadaan Inspektorat Jenderal Kementerian Pertanian dimulai dengan terbitnya Keputusan Presidium Kabinet Nomor 15 tahun 1966, yang mengharuskan adanya Inspektorat Jenderal pada setiap Departemen. Keputusan ini cukup strategis, mengingat kegiatan pengawasan di lingkungan Departemen Pertanian sebelumnya dilaksanakan oleh unit kerja Pembantu Menteri Pertanian bidang Perencanaan dan Pengawasan.

Kebijakan tersebut selanjutnya ditindaklanjuti dengan penerbitan Keppres Nomor 170 tahun 1967, dan Kepmentan Nomor Kep/37/5/1967 tanggal 31 Mei 1967 yang menetapkan Susunan Organisasi, Bidang Tugas dan Tata Kerja Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian. Untuk mengabadikan momentum yang sangat bersejarah itu, tanggal 31 Mei 1967 diperingati sebagai hari berdirinya Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian.

Tahun 1966
Diterbitkan Keputusan Presidium Kabinet Nomor 15 tahun 1966, yang mengharuskan keberadaan Inspektorat Jenderal pada Departemen.

Awal Tahun 1967
Penerbitan Keppres Nomor 170 Tahun 1967 sebagai tindak lanjut Keputusan Presidium Kabinet Nomor 15 tahun 1966.

31 Mei 1967
Penerbitan Kepmentan Nomor Kep 37/5/1967 tahun 1967, yang menetapkan susunan organisasi, bidang tugas dan tata kerja Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian. Tanggal ini selanjutnya ditetapkan sebagai titik awal keberadaan Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian.

31 Mei 1967
Letkol Gito Soewoyo, SH dilantik sebagai Inspektur Jenderal yang pertama dan menjabat hingga 25 Nopember 1968.

Mulai 31 Mei 1967

Organisasi Inspektorat Jenderal terdiri dari 4 orang Inspektur (Inspektur Penelitian Efisiensi Pelaksanaan, Inspektur Penelitian Administrasi, Inspektur Penelitian Efisiensi Materiil serta Inspektur Penelitian Moril dan Mental). Di daerah dibentuk 2 Kantor Perwakilan di Jawa Timur dan Jawa Barat.

25 Nopember 1969
Kolonel CKH Hari Suharto dilantik sebagai Inspektur Jenderal menggantikan Letkol Gito Soewoyo, SH

Mulai 25 Nopember 1969
Perubahan organisasi Inspektorat Jenderal yaitu Inspektur Jenderal dibantu oleh 2 orang asisten Inspektur Jenderal I dan II, serta Inspektorat Organisasi dan Personalia, Inspektorat Keuangan, Inspektorat Materiil, Inspektorat Pembangunan Pertanian, dan Inspektorat Khusus sebagai unsur pelaksana di pusat.

Tahun 1968

Mendapat penugasan khusus Menteri Pertanian untuk melakukan pengawasan proses dan prosedur likuidasi beberapa BUMN Deptan. Tahun tersebut merupakan awal Inspektorat Jenderal melakukan pemeriksaan terhadap BUMN Deptan yang berjumlah sekitar 40-an.

Akhir Tahun1968
Penggabungan Itjen Perkebunan dan Itjen Pertanian dan kerjasama dengan BPK untuk melaksanakan OTA (Operasi Tertib Adminstrasi).

1 April 1973
Masa tugas Kolonel CKH Hari Suharto, SH berakhir dan digantikan oleh Ir. Achmad Affandi yang berlangsung hanya selama 7 bulan hingga 31 Desember 1973. Selepas itu, Kolonel CKH Hari Suharto pada akhirnya menduduki pos sebagai Jaksa Agung dan Ir. Acmad Affandi sebagai Menteri Pertanian.

1 Januari 1974
Jabatan Inspektur Jenderal diserahkan kepada Mayor Jenderal Pang Suparto.

15 April 1974
Sekretaris Jenderal Departemen Pertanian Mayjen Panudju Menggalakkan koperasi yang ditindaklanjuti dengan membentuk Koperasi Inspektorat Jenderal Departmen Pertanian atau Koperasi INTAN, berdasarkan Akte Pendirian No.1067/BH/I tanggal 15 April 1974 dengan ruang lingkup bidang simpan pinjam, pelayanan tiket dan warung kebutuhan sehari-hari.

Tahun 1975
Struktur organisasi Inspektorat Jenderal menjadi berbasis komoditas dan fungsi yang terdiri dari Inspektur Pangan yang meliputi komoditas tanaman pangan, peternakan, perikanan dan Bimas, serta Inspektur Non-Pangan meliputi komoditas kehutanan dan perkebunan.

7 Juli 1976
Kepemimpinan Mayor Jenderal Pang Suparto digantikan Brigadir Jenderal Idham Danal yang menjabat selama 2 tahun hingga dengan 31 Juli 1978.

1 Agustus 1978
Mayor Jenderal Mung Parhadimulyo mulai menjabat selama 4 tahun 9 bulan hingga 6 Mei 1983.

Tahun 1978
Ditjen Kehutanan ditingkatkan menjadi Departemen Kehutanan, sehingga unit kerja eselon I di tingkat pusat menjadi 9 ditambah 1 Menteri Muda Pertanian.

Tahun 1982
Dewan Gula Indonesia (DGI) dilahirkan berdasarkan Keputusan Presiden No.28 Tahun 1982. Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian saat itu aktif melakukan pengawasan terhadap Dewan Gula Indonesia.

7 Mei 1983
Kolonel Suwondo, SH dilantik sebagai Inspektur Jenderal seiring terjadi perubahan dimana Inspektur Pangan menjadi Inspektur Tanaman Pangan, Inspektur Peternakan dan Inspektur Perikanan, sedangkan Inspektur Non Pangan berubah menjadi Inspektur Perkebunan. Inspektur Kepegawaian dan dan Inspektur Keuangan dan Perlengkapan masih tetap seperti semula.

4 Mei 1988
Kepemimpinan Inspektorat Jenderal mulai dijabat Brigadir Jenderal Sarwoko dan berakhir pada tanggal 4 Juni 1992.

4 Juni 1992
Mayor Jenderal Setiyana mulai menduduki jabatan Inspektur Jenderal dan berakhir pada tanggal 25 Juli 1997.

25 Juli 1997
Mayor Jenderal Suparman dilantik pada tanggal 25 Juli 1997 sebagai Inspektur Jenderal.

Mei 1998
Indonesia dilanda krisis Ekonomi yang berdampak pada seluruh aspek kehidupan negara ini.

Tahun 1999
Departemen kehutanan digabung dengan Departemen Pertanian menjadi Departemen Pertanian dan Kehutanan.

24 Mei 2000
Pelantikan Ir. A.H. Rahadian, M.Si, sebagai Inspektur Jenderal yang menandai masuknya era sipil dalam kepemimpinan Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian.

Tahun 2000
Departemen Kehutanan kembali berdiri sendiri dengan nama Departemen Kehutanan dan Perkebunan. Pemberlakuan Jabatan Fungsional Auditor (JFA) yang membawa konsekuensi pemangkasan Jabatan Struktural sebanyak 175 jabatan Inspektur Pembantu (Irban) dan Pemeriksa. Mulai tahun 2000 kegiatan pengendalian dilakukan oleh Pengendali Mutu/Pengendali Teknis (Pengawas) yang berada di bawah Inspektur sebagai penanggung jawab pemeriksaan. Ditjen Perkebunan yang menjadi bagian dari Departemen Pertanian dialihkan dan masuk menjadi bagian Departemen Kehutanan dan Perkebunan. Konsekuensi atas pengalihan tersebut, Inspektur perkebunan turut serta pindah ke Departemen Kehutanan dan Perkebunan.

4 Januari 2001
Ditjen Perkebunan kembali pada organisasi Departemen Pertanian dan Inspektur menjadi bagian dari Inspektur Jenderal Departemen Pertanian. Organisasi Inspektorat Jenderal mengalami perombakan dimana peran Inspektur yang semula menyelenggarakan fungsi yang berdasarkan komoditi diubah menjadi bidang tugas per Eselon II, yaitu: Sekretaris Itjen dan Inspektur I, II, III, IV. Organisasi Inspektorat Jenderal selanjutnya berdasarkan SK Mentan No.354.1/Kpts/OT.210/6/2001. Mengalami sedikit perubahan sehubungan dengan ditetapkannya Badan Karantina Pertanian.

16 Nopember 2001
Para auditor membentuk organisasi profesi dengan membentuk Ikatan Auditor Internal Departemen Pertanian (IAI-DP) yang diketuai oleh Ir. Mursid Suhadi, MM.

Tahun 2003
Pada masing-masing Inspektorat dibentuk sub Bagian Tata Usaha (Subag TU) untuk kelancaran dan ketertiban pelaksanaan tugas Inspektur.

14 Juni 2005
Pelantikan Prof. Dr. Ir. Zaenal Bachruddin, M.Sc sebagai Inspektur Jenderal Departemen Pertanian menggantikan Ir. A.H. Rahadian, M.Si.

19 Pebruari 2007
Dengan terbitnya Peraturan Menteri Pertanian No.11/Permentan/OT.140/2/2007 tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Pertanian Nomor:299/Kpts/OT.140/7/2005 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Departemen Pertanian, Sehingga Inspektorat Jenderal mengalami penambahan Eselon II, lengkapnya yaitu: Sekretaris Itjen, Inspektorat I, II, III, IV dan Inspektorat Khusus. Bersamaan dengan hal tersebut diatas, terbit juga

Peraturan Menteri Pertanian No.12/Permentan/OT.140/2/2007 tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Pertanian No.341/Kpts/OT.140/9/2005 tentang Kelengkapan Organisasi Dan Tata Kerja Departemen Pertanian, dengan perubahan ini Inspektorat Jenderal juga mengalami beberapa perubahan struktur organisasi dan tugas pokok dan fungsinya.

24 Juni 2008
Pelantikan Dr. Mulyanto, M.Eng. sebagai Inspektur Jenderal Departemen Pertanian menggantikan Prof. Dr. Ir. Zaenal Bachruddin.

Dalam rangka mempercepat Inpres 5 Tahun 2004 tentang percepatan pemberantasan korupsi Kementerian Pertanian menerbitkan peraturan menteri No.40/permentan/OT.140/8/2008  ke daerah-daerah (Medan, Bali dan Ujung Pandang dengan Nara Sumber dari Dr. Ray Akbar Cs.

Penandatanganan Pakta Integritas sebagai wujud komitmen untuk melakukan kegiatan sejujur-jurnya, janji pakta integritas dilaksanakan dilingkungan Kementerian Pertanian pada tanggal 11 Agustus 2008 di Auditorium Gd. D - Kanpus Kementerian Pertanian RI.

Pelatihan I Anti Korupsi dilakukan agar setiap pejabat yang telah mengambil sumpah, berani berbuat  jujur dan komitmen untuk tidak melakukan penyelewengan yang menyebabkan keresahan di muka bumi. Pelatihan dengan menggunakan methode THD (Tafakur, Hisap dan Dzikir) yang baru pertama kali dilakukan di kementerian pertanian.

Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008 lampiran sebagai Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP).

Undang-undang Nomor 39 Tahun 2008 tentang Kementerian Negara, Istilah Departemen dirubah menjadi Kementerian.

Inspektur Jenderal Pertanian menurut perpres 24 tahun 2010.

Berdasarkan Kepres 157/01 tahun 2010 – pelatihan pejabat Eselon I lingkup kemeterian pertanian – IR. R. Azis Hidajat, MM. Diangkat sebagai Inspektur Jenderal Kementerian Pertanian.